Bioinformática

Docentes:

Creditos: 3

Conocimientos deseables: Lenguajes de programación Java, C++.

Hora: Sábados, 9:00 a.m. -12:00 m. Salón 3.20 Almendros.

Objetivos

Brindar al estudiante conocimientos básicos, tanto teóricos como prácticos, sobre la bioinformática. Al finalizar el curso el estudiante estará en capacidad de:

• Comprender lo que es la bioinformática, sus aplicaciones, desarrollo actual, tendencias e impacto en la ciencia de la computación. • Entender la relación entre las ciencias biológicas y la computación desde la perspectiva de la ingeniería de sistemas. • Utilizar bases de datos, herramientas y lenguajes de programación especializados para resolver problemas relacionados con biosecuencias.

Contenido

1. Introducción a la bioinformática:

• Que es la bioinformática • Historia de la bioinformática • Relación entre biología y computación • Aplicaciones de la bioinformática • El rol del bioinformático, ingeniero y biólogo frente a la bioinformática • Futuro de la bioinformática

2. Biología Celular, La célula:

• Teoría celular • Diferencias entre células eucariotas y procariotas • Organelas celulares

3. Estructuras moleculares:

• Ácidos nucleicos • Aminoácidos y Proteínas • Genes y genomas

4. El dogma central de la Biología Molecular:

• Replicación • Trascripción • Traducción

5. Alineamiento de secuencias:

• Búsquedas por similitud de secuencias • Métodos para Alineamiento de secuencias • Concepto de Programación Dinámica aplicado en Alineamientos • Alineamiento global • Alineamiento local • Algoritmos de alineamiento y búsqueda

6. Análisis Filogenético:

• Concepto de árbol evolutivo • Métodos de construcción de árboles • Alineamiento múltiple • Algoritmos de construcción de árboles

7. Predicción de genes:

• Que es la predicción de genes • Métodos de búsqueda ab-initio • Aplicación de Modelos de Markov en búsquedas de genes • Algoritmos de búsqueda más populares (GENSCAN, TWINSCAN) • Métodos de genómica comparada y métodos híbridos

8. Bases de datos, herramientas y Servicios públicos: • GenBank • PDB • SwissProt • Blast • Rasmol • Clustalw • Phylip • Emboss • MyGrid • BioMoby

9. Lenguajes, módulos y bilbiotecas para bioinformática: • Bioperl • Biojava • Biopython

10. Reconocimiento de patrones y Aprendizaje automático en bioinformática: • Modelamiento probabilístico • Algoritmos de aprendizaje automático • Redes neuronales • Modelos ocultos de Markov • Gramáticas estocásticas y lingüística

Evaluación

Por definir

Syllabus 2012

Sesión
1: Introducción a la bioinformática bioinfo_sesion1.pdf

Lectures and Extra Material 2011

Titulo
1: Material disponible en dropbox

Laboratorios y Ejercicios

Evaluaciones

1: Resultados disponibles en el sistema de notas de la universidad

Bibliografía

- Developing Bioinformatics Computer Skills. Cynthia Gibas & Per Jambeck. Editorial O’Reily. (No está en la biblioteca PUJ) - Java for Bioinformatics and Biomedical Applications. Harshawardhan Bal and Johnny Hujol.(No está en la biblioteca PUJ) - Bioinformatics and Systems Biology, Collaborative Research and Resources. Frederick B. Marcus. Editorial Springer. (No está en la biblioteca PUJ) - Principles of Biochemistry. Albert Lehninger. 2.000. Ediciones Omega. (No está en la biblioteca PUJ) - Cell and Molecular Biology. Gerald Karp. 1.999. John Wiley Sons. (Si está en la biblioteca PUJ) - Biología Celular y Molecular Lodish H. 2000. Editorial Médica Panamericana. (Si está en la biblioteca PUJ) - Genes VII. Lewin B. Oxford University Press. 2.000 (No está en la biblioteca PUJ) - Molecular Biology of the Cell. Alberts B. Garland Publishing Co. 2000 (No está en la biblioteca PUJ) - The Ten most wanted solutions in protein bioinformatics. Anna Tramontano. CHAPMAN & HALL/CRC. 2005. (Si está en la biblioteca PUJ) - Introduction to Bioinformatics. Arthur M. Lesk. Oxford University Press. 2002. (No está en la biblioteca PUJ) - Bioinformatics : the machine learning approach. Pierre F. Baldi, Soren Brunak. 2ed. The MIT Press. 2001. (Si está en la biblioteca PUJ) - Sushmita Mitra, Sujay Datta, Theodore Perkins, George Michailidis. Introduction to machine learning and bioinformatics. Ed. CRC. 2008. (Si está en la biblioteca PUJ)

Software

  1. nnnn
 
materias/bioinformatica.txt · Última modificación: 2012/04/21 09:46 por fbarraza
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