La informática y la programación son fundamentales para el biológo desde hace varias décadas como herramientas conceptuales y tecnológicas para analizar información de biosecuencias (ADN, ARN, proteínas), datos de expresión genética (microarreglos), redes (metabólicas, de regulación, señalamiento); así como para la generación de hipótesis a partir de los datos.
Esta asignatura hace una introducción a la programación en Python orientada al análisis de información biológica, al uso del intérprete de comandos de UNIX/Linux, y al uso de algunas herramientas bioinformáticas de Biopython.
Al final del curso los estudiantes podrán:
El curso se desarrolla de manera presencial durante tres horas a la semana. El estudiante debe leer un capítulo del libro guía antes de cada clase y esto se evaluará con quices.
En algunas sesiones se asignarán tareas de programación que deben ser resueltas por los estudiantes individualmente.
El curso tiene un proyecto de semestre, realizado en grupo, y tres evaluaciones escritas individuales.
Sesión | Tema | Bibliografía |
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1 | Intérpretes de comandos (bash vs python) | [1,cap. 2 ] |
2 | Variables, expresiones y sentencias | [1,cap. 3] |
3 | Funciones | [1,cap. 4 ] |
4 | Condicionales | [1,cap. 5 ] |
5 | Funciones fructíferas | [1,cap. 6 ] |
Parcial 1 | ||
6 | Iteración | [1,cap. 7 ] |
7 | Cadenas | [1,cap. 8 ] |
8 | Listas | [1,cap. 9 ] |
9 | Tuplas | [1,cap. 10 ] |
10 | Diccionarios | [1,cap. 11 ] |
11 | Archivos y excepciones | [1,cap. 12 ] |
Parcial 2 | ||
12 | Clases y objetos | [1,cap. 13 ] |
13 | Clases y métodos | [1,cap. 14 ] |
14 | Conjuntos de objetos | [1,cap. 15 ] |
15 | Herencia | [1,cap. 16 ] |
16 | Introducción a Biopython | [7] |
Parcial 3 |
Porcentaje | |
---|---|
Parcial 1 | 18% |
Parcial 2 | 16% |
Parcial 3 | 16% |
Quices | 16% |
Tareas | 16% |
Proyecto | 18% |