La informática y la programación son fundamentales para el biológo desde hace varias décadas como herramientas conceptuales y tecnológicas para analizar información de biosecuencias (ADN, ARN, proteínas), datos de expresión genética (microarreglos), redes (metabólicas, de regulación, señalamiento); así como para la generación de hipótesis a partir de los datos.
Esta asignatura hace una introducción a la programación en Python orientada al análisis de información biológica, al uso del intérprete de comandos de UNIX/Linux, y al uso de algunas herramientas bioinformáticas de Biopython.
Al final del curso los estudiantes podrán:
Modelar computacionalmente un problema.
Aplicar los conceptos de programación para analizar información biológica.
Utilizar un lenguaje y un ambiente de programación para implementar algoritmos.
Interpretar, desarrollar, evaluar y explicar algoritmos que dan solución a un problema.
Específicas: programación en el lenguaje Python, uso básico del intérprete de comandos de UNIX/Linux (bash), programación básica con Biopython.
Conceptos Fundamentales de Computación: Modelamiento de problemáticas particulares, Algoritmia, Abstracción de Datos.
Generales:
Instrumentales: Análisis de problemas, diseño de soluciones. Habilidades de comunicación: oral, escrita.
Personales: Habilidades para trabajar en grupo, habilidades de colaboración.
Sistémicas: Entendimiento básico del contexto en el cual se practica la biología computacional. Aprendizaje continúo. Auto-aprendizaje.
El curso se desarrolla de manera presencial durante tres horas a la semana. El estudiante debe leer un capítulo del libro guía antes de cada clase y esto se evaluará con quices.
En algunas sesiones se asignarán tareas de programación que deben ser resueltas por los estudiantes individualmente.
El curso tiene un proyecto de semestre, realizado en grupo, y tres evaluaciones escritas individuales.
| Sesión | Tema | Bibliografía |
| 1 | Intérpretes de comandos (bash vs python) | [1,cap. 2 ] |
| 2 | Variables, expresiones y sentencias | [1,cap. 3] |
| 3 | Funciones | [1,cap. 4 ] |
| 4 | Condicionales | [1,cap. 5 ] |
| 5 | Funciones fructíferas | [1,cap. 6 ] |
| | Parcial 1 | |
| 6 | Iteración | [1,cap. 7 ] |
| 7 | Cadenas | [1,cap. 8 ] |
| 8 | Listas | [1,cap. 9 ] |
| 9 | Tuplas | [1,cap. 10 ] |
| 10 | Diccionarios | [1,cap. 11 ] |
| 11 | Archivos y excepciones | [1,cap. 12 ] |
| | Parcial 2 | |
| 12 | Clases y objetos | [1,cap. 13 ] |
| 13 | Clases y métodos | [1,cap. 14 ] |
| 14 | Conjuntos de objetos | [1,cap. 15 ] |
| 15 | Herencia | [1,cap. 16 ] |
| 16 | Introducción a Biopython | [7] |
| | Parcial 3 | |
| | Porcentaje |
| Parcial 1 | 18% |
| Parcial 2 | 16% |
| Parcial 3 | 16% |
| Quices | 16% |
| Tareas | 16% |
| Proyecto | 18% |
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Alan Gauld. Learn to program using Python : a tutorial for hobbyists, self-starters, and all who want to learn the art of computer programming. Addison-Wesley. 2001.
Signatura Biblioteca Javeriana: 005.133G269L e1
Allen Downey, Jeffrey Elkner y Chris Meyers. How to think like a computer scientist : learning with Python. Green Tea Press. 2002.
Signatura Biblioteca Javeriana: 005.133D748h e1
Mark Lutz y David Ascher. Learning Python. O'Reilly & Associates. 1999.
Signatura Biblioteca Javeriana: 005.133L975L 1999 e1
Bradley N. Miller y David L. Ranum. Problem solving with algorithms and data structures using Python. Franklin, Beedle & Associates Incorporated. 2006.
Signatura Biblioteca Javeriana: 005.133M647p e1
Guido van Rossum.
Python Tutorial. Python Software Foundation. Fred L. Drake, Jr., editor. September. 2006.
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